第三代功能性食品成為研究的重點。功效經過動物和人體實驗證實，功能因子的結構、作用機理清晰，含量明確，并且活性成分能夠在食品中保持生理活性的第三代功能性食品將受到消費者的認可，這類產品的開發將是今后功能性食品研究開發的重點方向。

充分利用傳統植物提取物資源。發揮中國藥食同源的優勢，開發具有良好的藥食同源性的傳統植物，如銀杏紅景天、人參等，使這些功能效果得到大家廣泛認可的資源正成為功能食品開發的原料來源，研究其中的功能因子，直接以這些原料開發功能性食品，或者提取其中的功能性成分，添加到其他食品中開發出新的功能性產品。

保健知識和健康理念宣傳成為重點。隨著保健品生產企業的發展和成熟，產品銷售及消費不再只靠廣告宣傳來吸引消費者，而是更多的傳播保健知識和健康理念，讓消費者通過自己獲得的保健知識去選擇適合的保健產品。中國功能糖城----禹城的一批功能性配料企業在這方面起到很好的示范帶動作用，尤其是功能糖的旗艦企業保齡寶生物股份有限公司建立了功能糖展示館，健康體驗館等科普健康教育基地，以傳播健康知識為主要內容，在引導消費者正確、科學理解、應用保健品方面發揮了良好作用。

管理更加規范化。政府監管和行業自身的管理更加規范化。《食品安全法》《保健食品注冊管理辦法》等一系列重要的法規文件相繼頒布，中國政府對保健食品行業監管逐漸加大；同時隨著行業自身的發展成熟，企業內部自身也向規范化發展，將促進整個行業越來越規范化。